La Akademio enhavas Sekciojn, kiuj prizorgas diversajn lingvajn kampojn de la Akademia laboro. La Sekcioj ne estas fiksitaj, sed estas kreataj lauxbezone. Cxiun Sekcion gvidas Direktoro. Cxiu Akademiano povas aparteni al pluraj Sekcioj, laux sia intereso.
Nun (en Septembro 2007) ekzistas la jenaj Sekcioj:
| Sekcio | Direktoro |
|---|---|
| Faka Lingvo | Marc Bavant |
| Gramatiko | Jouko Lindstedt |
| Gxenerala Vortaro | Bertilo Wennergren |
| Konsultejo de la Akademio de Esperanto | Boris Kolker |
| Literaturo | Humphrey Tonkin |
| Prononco | Probal Das Gupta |
| Kontrolado de lerniloj | Marc Bavant |
La Akademio ankaux havas Komisionojn, kiuj plenumas diversajn ne-lingvajn taskojn. Cxiu Komisiono estas gvidata de Direktoro.
Nun (en Septembro 2007) ekzistas la jenaj Komisionoj:
| Komisiono | Direktoro |
|---|---|
| Historio de la Akademio de Esperanto | Carlo Minnaja |