La Akademio enhavas Sekciojn, kiuj prizorgas diversajn lingvajn kampojn de la Akademia laboro. La Sekcioj ne estas fiksitaj, sed estas kreataj lauxbezone. Cxiun Sekcion gvidas Direktoro. Cxiu Akademiano povas aparteni al pluraj Sekcioj, laux sia intereso.
Nun ekzistas la jenaj Sekcioj (la informoj validas de Oktobro 2010):
| Sekcio | Direktoro |
|---|---|
| Faka Lingvo | Christer Kiselman |
| Gramatiko | Otto Prytz |
| Gxenerala Vortaro | Bertilo Wennergren |
| Konsultejo de la Akademio de Esperanto | Alexander Shlafer |
| Literaturo | Paul Gubbins |
| Prononco | Probal Das Gupta |
| Kontrolado de lerniloj | Marc Bavant |
La Akademio ankaux havas Komisionojn, kiuj plenumas diversajn ne-lingvajn taskojn. Cxiu Komisiono estas gvidata de Direktoro.
Ekzistas la jenaj Komisionoj (la informoj validas de Oktobro 2010):
| Komisiono | Direktoro |
|---|---|
| Historio de la Akademio de Esperanto | Carlo Minnaja |